By the timeは「～する頃（まで）には」という意味の接続詞で、主に過去完了形と未来完了形の文で用います。以下に例文を挙げます。
①By the time I got back home last night, my son had already gone to bed.
「昨夜、私が帰宅した時には、息子はすでに就寝していた。」
②By the time I get back home tonight, my son will have already gone to bed.
「今夜、私が帰宅する頃には、息子はすでに就寝しているだろう。」
①は過去完了形の文です。By the timeの節では過去単純形を用い、主節では過去完了形（had + Vpp）を用います。
私が帰宅したのも、息子が就寝したのも、いずれも過去に行われた動作ですが、後者の方が先に行われたことなので、大過去（had + Vpp）を用います。
②は未来完了形の文です。By the timeの節では現在単純形を用い、主節では未来完了形（had + Vpp）を用います。
私が帰宅するのは未来の動作ですが、「条件」を表しているので、By the timeの節では現在単純形を用います。
By the timeの使い方は、主にこの２つです。いずれも「時制」がポイントです。つまり、By the timeを正しく用いるには、時制を正しく理解する必要がある、ということです。
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